Seminarios

Seminario 1: Búsqueda, descarga y limpieza de datos desde GBIF

• Búsqueda, descarga y limpieza de datos de biodiversidad desde GBIF. Una odisea ecoinformática

  • Impartido por: Carlos Lara Romero, Universidad Rey Juan Carlos, Madrid

  • Resumen: La misión cardinal de GBIF es dar acceso, de manera libre y gratuita, a datos de biodiversidad para apoyar la investigación científica y fomentar la conservación biológica. La información disponible en GBIF se encuentra estructurada en diversos tipos de datos y metadatos. Esta estructura es uno de los mayores potenciales de GBIF, pero también dificulta el proceso de descarga de la información. El objetivo del seminario es dotar a los asistentes de la información y herramientas para desarrollar con éxito el proceso de búsqueda, descarga y limpieza de datos desde GBIF a través de su interfaz web y del paquete de R “rgbif”. Pero, sobre todo, con el seminario pretendo mostrar mi proceso de aprendizaje del lenguaje de programación R. Una odisea llena de frustración y fallo. De debilidad. Pero también de éxitos, satisfacción y crecimiento personal y profesional.

  • Fecha: 31 Enero 2022

Seminario 2: Estadística bayesiana

• Estadística bayesiana: principios, teorema de bayes y su aplicación

  • Impartido por: Paloma Ruiz-Benito e Ignacio Morales-Castilla, Universidad de Alcalá (UAH), Madrid - grupo de EcoBayesUAH

  • Resumen: Repaso de los beneficios en el uso de una aproximación de la estadística bayesiana, explicación general del teorema de Bayes, y uso de ejemplos conceptuales y prácticos.

  • Fecha: 28 Febrero 2022

Seminario 3: Análisis de la ciencia ciudadana mediante modelos de ocupación

• Análisis de la ciencia ciudadana mediante modelos de ocupación

  • Impartido por: Guillermo Fandos Guzmán, Universidad Complutense de Madrid

  • Resumen: Durante este seminario vamos a ver los pasos iniciales básicos para aplicar los modelos de ocupación a los datos de ciencia ciudadana. Los modelos de ocupación nos permiten modelar conjuntamente el proceso ecológico de aparición de especies y el proceso de observación de la detección de especies, pero a su vez nos permite sacar estimas como procesos separados. Este marco analítico nos permite tener en cuenta la variación de la probabilidad de detección al estimar la presencia de las especies.

  • Link a datos y PDF: https://drive.google.com/drive/folders/1BX1js28MS-RSMFvTHoKJJ6iDY9wGNoAw

  • Fecha: 30 Marzo 2022

Seminario 4: Generación de visores de datos espaciales con R

• Generación de visores de datos espaciales con R

  • Impartido por: Antonio J. Pérez-Luque, Estación Experimental del Zaidín CSIC, Granada

  • Resumen: ¿Necesitas mostrar información espacial sobre alguna de tus investigaciones? ¿Quieres compartir con tus colaboradores las zonas de tu muestreo de una forma sencilla? En este seminario introduciremos algunas herramientas para la creación de visores espaciales sencillos y prácticos que permitan mostrar tu información espacial combinándola con otras capas de información. Para ello, utilizaremos diferentes paquetes de R, y combinándolos con leaflet (una librería JavaScript), GitHub y servicios WMS, generaremos visores espaciales de una forma sencilla.

  • Link a presentación: https://ajpelu.github.io/visores_geograficos_r/slides.html

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/ajpelu/visores_geograficos_r

  • Mapa de ejemplo: https://ajpelu.github.io/visores_geograficos_r_ejemplo/

  • Fecha: 5 Mayo 2022

Seminario 5: Análisis de dinámicas poblacionales en R

• Análisis de dinámicas poblacionales en R

  • Impartido por: David García-Callejas, Landcare Research New Zealand, University of Canterbury

  • Resumen: Las poblaciones de diferentes especies varían en respuesta a toda una serie de factores, y la ecología matemática ha ido desarrollando, desde hace más de un siglo, las herramientas para analizar estas dinámicas. En este seminario haremos un repaso de los fundamentos ecológicos de algunas de estas herramientas, desde modelos de crecimiento exponencial a dinámicas Lotka-Volterra, y veremos cómo implementarlas en R. Hablaremos de dinámicas de especies individuales y de especies con diferentes tipos de interacciones, repasando funciones para evaluar su estabilidad o para representarlas gráficamente.

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/garciacallejas/LV_dynamics

  • Fecha: 6 Junio 2022

Seminario 6: Introducción a Python

• Introducción al análisis de datos con Python

  • Impartido por: Virginia Domínguez-García, Estación Biológica de Doñana - CSIC, Sevilla

  • Resumen: La programación se está volviendo más y más importante para el análisis de datos en todas las disciplinas. Aunque en ecología el lenguaje de programación más utilizado es R, en ocasiones conocer otros lenguajes puede facilitarte la vida pues diferentes librerías están más desarrolladas en uno u otro lenguaje (por ejemplo el machine learning en Python). Este taller es una introducción al uso de Python para el análisis de datos, en el que se cubrirán: la lectura (y escritura) de datos desde ficheros, la limpieza y re-estructuración de dichos datos, su análisis usando estadísticas simples, y finalmente la representación de los resultados. Para poder ir realizando los ejercicios propuestos se recomienda tener instalado Python (preferiblemente con Anaconda https://www.anaconda.com/products/distribution) antes de iniciar el taller, pero si las personas asistentes encuentran problemas con la instalación cubriremos esto al inicio del taller también.

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/domgarvir/taller_python_data

  • Fecha: 5 Julio 2022

Seminario 7: Integración de datos en la estima de la distribución y abundancia animal

• Integración de datos en la estima de la distribución y abundancia animal

  • Impartido por: Javier Fernández-López, CEFE - UCM (Montpellier, Francia)

  • Resumen: Cada vez más a menudo disponemos de diferentes fuentes de datos con información complementaria acerca de la abundancia o distribución de las poblaciones animales: datos de fototrampeo, conteos directos, registros de presencia oportunistas… En este seminario veremos como la integración de datos en un marco de modelización jerárquica permite combinar estas distintas fuentes en único modelo para obtener estimas de abundancias más precisas.

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/jabiologo/aeetSeminario

  • Fecha: 29 Septiembre 2022

Seminario 8: Introducción al análisis espacial de patrones de puntos

• Introducción al análisis espacial de patrones de puntos. ¿Qué hago con mis coordenadas espaciales?

  • Impartido por: Antonio Perea Martos, Estación Experimental del Zaidín - CSIC, Granada

  • Resumen: Hubbell et al. en el año 2001 postularon que “Cualquier mecanismo de coexistencia que esté operando en un bosque deja una huella espacial que puede ser detectada haciendo mapas individuales de las localizaciones”. Estas huellas espaciales vienen determinadas por la posición (X e Y) de los sujetos de estudios, y aportan pistas sobre los mecanismos que podrían estar operando en el ensamblaje de comunidades. Para analizar este tipo de huellas se requiere del uso del “point pattern analysis”, una herramienta muy versátil y aplicable prácticamente a cualquier campo de la ecología que trabaje con localizaciones (puntos). Por tanto, el uso de este tipo de herramienta aporta una perspectiva añadida a los análisis estadísticos convencionales, evaluando el efecto de la distancia y la densidad en los procesos de interés. En este escenario veremos algunos ejemplos sobre las posibles aplicaciones de esta metodología, a la vez que se atenderán dudas según vayan surgiendo.

  • Fecha: 24 Octubre 2022

Seminario 9: Introducción al mundo de la bioacústica

• Introducción al mundo de la bioacústica y aplicaciones metodológicas. ¡Escucha qué dicen tus datos!

  • Impartido por: Elena Tena, Estación Biológica de Doñana - CSIC, Sevilla

  • Resumen: Muchas especies se desplazan e interaccionan con el medio a partir del sonido. La bioacústica es una metodología no invasiva que nos permite detectar diferentes animales a través de su canto. Durante este seminario, veremos los principios básicos de la bioacústica y sus aplicaciones metodológicas. Aprenderemos a cómo registrar datos acústicos con diferentes detectores de sonido así como a gestionar y analizar dichos datos en base a diferentes parámetros acústicos. Concretamente, analizaremos algunos ejemplos de grabaciones de especies variadas con distintos software de sonido.

  • Fecha: 29 Noviembre 2022

Seminario 10: Introducción a Zotero

• Introducción a Zotero: cómo organizar nuestras referencias de forma accesible y cómo citar fácilmente en R con Quarto/RMarkdown

  • Impartido por: Darío San Segundo Molina, Universidad de Alcalá, Madrid

  • Resumen: Organizar nuestra bibliografía de una forma eficiente, fácilmente accesible e integrarla en flujos de trabajo reproducibles (p. ej. RMarkdown o Quarto) supone muchas ventajas a la hora de integrar conocimiento científico, redactar manuscritos/proyectos y compartir referencias. Zotero es una herramienta de código abierto que facilita estas tareas. En este seminario, especialmente orientado para investigadores/as de ecología en etapas tempranas, veremos brevemente las funcionalidades principales de su interfaz, sus ventajas frente a otros gestores y el funcionamiento general de citas en procesadores de texto, deteniéndonos en cómo utilizarlo junto con Quarto/RMarkdown a través del visual editor mode para facilitar un flujo de trabajo reproducible. Por último, veremos algunos recursos adicionales como el acceso a cualquier artículo desde la interfaz vía SciHub , los Zotero-Groups y la sincronización cuasi-ilimitada de archivos entre dispositivos mediante nubes de almacenamiento.

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/dario-ssm/zote_r_o

  • Link a diapositivas: https://dario-ssm.github.io/zote_r_o/#/title-slide

  • Fecha: 20 Febrero 2023

Seminario 11: Introducción al uso de filogenias

• Introducción al uso de filogenias en Ecología. El paquete randtip como método de abordar la incompletitud filogenética

  • Impartido por: Ignacio Ramos, Universidad Autónoma de Madrid

  • Resumen: La inclusión de filogenias es un aspecto clave en Ecología, puesto que trata la historia evolutiva de distintos taxones como un gradiente, y no como unidades independientes. En la primera parte de este seminario vamos a ver la importancia de incluir información filogenética en análisis ecológicos, qué oportunidades presenta, y problemáticas que conlleva. En una segunda parte se presentará una metodología para expandir filogenias incompletas utilizando información no molecular, y su aplicación a través del paquete de R randtip.

  • Link a repo de GitHub: https://github.com/iramosgutierrez/randtip

  • Link a manuscrito: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.04.474924v1

  • Link a tutorial: https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/01/04/2022.01.04.474924/DC2/embed/media-2.pdf?download=false

  • Fecha: 29 Mayo 2023